1. Наконечник: кінчик акварельного пера, як правило, круглий, тоді як кінчик маркера плоский, який поділяється на волокнистий і поролоновий.
2. Чорнило: маркери бувають на водній, масляній і спиртовій основі, тоді як акварельні ручки мають лише один тип водної основи.
3. Фарбування: акварельні ручки не можуть складати кольори, але маркери можуть складати кольори. Фломастери легше розфарбувати, ніж акварельні ручки.
4. Використання: перевага акварельного пера полягає в тому, що в ньому достатньо води, колір насичений і яскравий, а недоліком є те, що вода нерівномірна, перехід неприродний, і два кольори нелегко поєднати разом, тому він взагалі підходить для дитячих картин, а також може використовуватися як маркер.
Перевага маркера полягає в тому, що вода рівномірна, а недолік у тому, що колірний контраст слабший, але обидва можуть бути добре скоординовані разом і можуть малювати архітектурні візуалізації та візуалізації промислового дизайну.
